在游戏开始时，莉莉艾将科斯莫古从以太乐园带走。在走投无路之时，科斯莫古用自己的能力将莉莉艾瞬移。
主角通过阿卡拉岛大考验后，碧珂会带领主角前往以太乐园参观，并与露莎米奈见面，期间虚吾伊德突然从究极之洞出现而后又消失。
魄镇事件过后，主角发现骷髅队劫持猫鼬少“少少”是调虎离山计，而在此期间莉莉艾被迫被骷髅队带走。之后在格拉吉欧的带领下，主角和哈乌再度前往以太乐园。
在以太乐园，主角一行人受到了以太基金会的堵截。而在b2层的秘密实验室，主角逐渐了解到了以太基金会的黑幕。在和扎奥博对战后，主角获得了前往露莎米奈宅邸的钥匙。最终在宅邸深处，主角得知露莎米奈和莉莉艾的母女身份。露莎米奈随后利用科斯莫古打开了究极之洞，与古兹马一起前往了究极空间。此时究极调查队才知道他们被露莎米奈算计了。usum
莉莉艾与主角休整一夜后，决定鼓起勇气，寻找拯救母亲的办法，而此时以太基金会不再与主角敌对。
在主角于究极空间与露莎米奈对峙后，露莎米奈陷入了昏迷。莉莉艾决定前往关都地区寻找治疗母亲的方法，而格拉吉欧则成为以太基金会的代理理事长。在究极异兽事件期间，碧珂因为以太基金会的过错，决定帮助国际警察保护并研究极异兽，以解开究极异兽之谜。sm
在主角到达日轮祭坛us\/月轮祭坛um以后，露莎米奈出现并警告主角一行人这个世界正遭到奈克洛兹玛的袭击。主角成为冠军后格拉吉欧决定前往关都地区锻炼自己。随后碧珂再次与究极调查队联手研究究极异兽。期间因为扎奥博的阴谋露莎米奈的宅邸沦为彩虹火箭队的城堡，露莎米奈陷入昏迷，莉莉艾将与主角共同面对彩虹火箭队。usum
动画中的以太基金会在小智与小星云！奇妙的邂逅!!中首次出现。理事长露莎米奈试图让小智把小星云交给以太基金会。
在出动！我们的究极防卫队!!，小智和他的同学成为究极防卫队的创始成员，且此团队是以太基金会的一个小组。他们的目标是抓住误入宝可梦世界的究极异兽，并将它们释放回究极空间，以维护阿罗拉的安全。
在莉莉艾与秘密的机关公主！，首次揭示莫恩曾经是以太基金会的领导者。
在开幕！阿罗拉宝可梦联盟!!，莉莉艾透露，以太基金会的每个人都帮忙建造了玛纳罗竞技场。
与游戏中不同的是，动画中的以太基金会和骷髅队无关。
宝可梦特别篇中的以太基金会在归来！顶级职业高尔夫球手！中被首次提到。哈拉家中的电视播放了以太基金会照顾宝可梦的广告。来访的卡
第77章 77[1/2页]